Claude accélère 4x plus de 30 modèles de biologie, concours à 1 M$

Anthropic a publié le 17 septembre 2026 des travaux décrivant comment un modèle de recherche Claude interne, généraliste, a réécrit les logiciels que les biologistes structuraux font tourner au quotidien. En un peu moins de quatre semaines, indique l'entreprise, Claude a produit des paquets optimisés pour 36 implémentations couvrant plus de 30 modèles biomoléculaires d'apprentissage profond open source : prédiction de structure, conception de protéines, génomique et modèles de langage protéique.

Les chiffres viennent du rapport technique d'Anthropic. Un mode "Fast", qui échange un peu de précision numérique contre de la vitesse, a exécuté la passe avant de 13 modèles de prédiction de structure 4,1 fois plus vite en moyenne sur des GPU NVIDIA H100. Un mode "Exact", qui reproduit bit à bit les sorties du modèle d'origine, atteint 1,6 fois en moyenne sur 14 modèles. Les gains vont de 2,3 fois pour OpenDDE à 6,4 fois pour Chai-1. Le code optimisé est paru le jour même sur GitHub sous forme de 36 kits prêts à l'emploi en licence Apache 2.0, présentés comme une version de référence qui ne sera pas maintenue.

Au cœur du travail se trouve FlashPairformer, un ensemble de noyaux GPU sur mesure pour les opérations de triangle attention et de triangle multiplication, celles qui occupent l'essentiel du temps de calcul des modèles de la classe AlphaFold3 et dont le coût croît de façon cubique avec la taille du système. Mesuré sur une seule H100, FlashPairformer devance selon Anthropic les noyaux de référence du secteur de 2,7 et 2,9 fois en triangle attention, et de 1,7 et 3,2 fois en triangle multiplication. L'entreprise précise que ces travaux ont été supervisés principalement par deux membres de son équipe technique, familiers de la modélisation biomoléculaire mais sans expérience préalable en optimisation d'inférence ni en ingénierie de noyaux.

Le gain le plus concret est un mode "Big", économe en mémoire, qui permet de replier sur un seul nœud GPU NVIDIA des systèmes de plus de 10 000 jetons : le complexe I mitochondrial humain, un ribosome bactérien 70S, le complexe chaperon TRiC et un protéasome, chacun très proche de sa structure déterminée expérimentalement. À titre de comparaison, le ribosome 40S prédit correctement par AlphaFold3 comptait 7 663 jetons. Anthropic dit aussi avoir égalé les scores de liaison in silico de sa précédente campagne de conception de liants avec un seul modèle Claude sur une H200 pendant 24 heures, pour environ 150 dollars de dépenses cumulées en GPU et en jetons, contre jusqu'à 10 000 dollars par cible auparavant.

La publication énonce ses propres limites : poussées jusqu'à des capsides virales et des compartiments protéiques de 31 000 à 70 000 jetons sur un nœud B300 à huit GPU, les prédictions s'effondrent. Et un score in silico n'est pas une preuve de laboratoire : c'est précisément ce que doit apporter le concours coparrainé avec Adaptyv Bio. Les deux partenaires financent ensemble 1 million de dollars de validation expérimentale pour synthétiser et tester plus de 5 000 conceptions soumises par la communauté dans le laboratoire automatisé d'Adaptyv, sans frais pour les participants ; Anthropic y ajoute jusqu'à 1 million de dollars de crédits Claude, Modal jusqu'à 250 000 dollars de crédits de calcul et Twist Bioscience fournit l'ADN. Aucun prix en espèces n'est prévu. Cinq épreuves - dont la réactivité croisée entre espèces, la sensibilité au pH, la spécificité peptide-CMH et des cibles GPCR - s'ouvriront au rythme d'une par semaine du 28 septembre au 31 octobre ; les candidatures se ferment le 24 septembre, la validation doit être bouclée d'ici au 30 novembre et les résultats, y compris les conceptions ratées, seront publiés en libre accès sur Proteinbase le 15 décembre. Le calendrier est présenté comme prévisionnel et susceptible d'évoluer.

Transparence : le processus éditorial de NewUJ utilise les modèles Claude d'Anthropic.